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1择业态度分析调查显示,体育教育训练学的研究生就业前景较为乐观,而运动人体科学的研究生对就业前景最为悲观,这可能由于目前体育教育的岗位需求较多。仅有24人有读博的意愿,其中有半数认为目前就业压力比较大,继续升学有助于找到更为理想的工作岗位。对就业单位的选择,学校、国家机关和国有企业排在了前三位,因为选择此类国有单位待遇好、工作稳定。沿海开放城市、省会城市等经济较发达地区对研究生吸引力较强,机会多、收入高是主因。国家急需人才的边远或农村地区选择较少,条件艰苦、收入不高、物价上涨、来自家庭的压力成为主要制约因素。工资收入是研究生较为关注的问题。大部分研究生期望月薪在3000至5000元。主要因为研究生自我评价高于本科生,认为应当取得高额回报。
2择业行为准备分析对于关注有关就业信息的时间,选择研二期间占大多数。大多数研究生表示,研三期间涉及毕业论文和找工作两项大事,提前准备较为有利。就业信息获取渠道畅通与否,决定了研究生是否能够获得更多的就业机会。社会性职业介绍网站和学校就业网站被研究生认为是获取就业信息的主要渠道。这有利于研究生拓宽就业视野,学校就业网站对于研究生就业所学专业更有针对性。
3择业需求分析更多的单位介绍和招聘信息和更多的有关面试和演示的技巧介绍成为研究生选择最希望得到的求职信息的前两项。增加应聘次数和提升面试成功率将有助于研究生找到心仪的工作。充分发挥学校毕业生就业指导中心的作用是帮助研究生找到理想工作的重要途径。学校应通过必要的就业指导服务,帮助毕业学生走上一条既适合自身发展又符合社会发展需要的道路。当前研究生认为学校毕业生就业指导和服务应大力加强或改进的内容主要集中在收集提供就业信息、向社会毕业生的有关情况和信息、帮助毕业生推荐工作单位和求职应聘技巧指导这几个方面。研究生在自身增强就业能力上通常采取认真补习专业知识、找兼职工作、参加职业技能培训等方式。这表明研究生普遍意识到在复杂多变的社会环境中,若想在就业中取得优胜,不但需要努力学好本专业基本知识、技术、能力,还要培养自身的人际交往能力、团队合作能力等能力。研究生找工作时考虑的主要因素是单位性质、薪酬高低、个人发展和公司规模。大部分研究生期望拥有良的工作发展环境和丰厚的待遇。但是毕竟当前这样的岗位少、竞争激烈,如果研究生面对挫折不能够调整选择心态,容易导致失业。当前研究生就业指导获取的主要来源主要有社会媒体、学校就业指导中心及学校各教师。对于即将走出校园步入社会的研究生,就业指导信息获取与吸收决定了他们应聘的成功率。丰富指导内容、扩大指导范围,将提升研究生应聘技巧,帮助其顺利找到工作。研究生认为在求职过程中主要的困难在于信息量少、自身优势不易发挥、求职方法技巧欠缺以及自身对社会缺乏足够了解这些方面。这表明一方面研究生总体数量的扩大影响到了社会供需平衡,另一方面大部分研究生对自己将来在社会的定位不太准确,感觉到社会需求和学校所学存在一定脱节。
二.结束语
关键词:音乐;声乐教学;情感
一直以来,声乐教学总是围绕着解决开喉咙、呼吸、喉头等技术问题来进行。传统教学中过于强调肌肉运动的技术能力,忽视了人的情绪性格等因素,造成技术的不全面,使专业的学习较为艰难。声乐学生整天努力练习的不是如何进步,而是忙于解决各种声音的毛病。许多声乐前辈和老师说。学习声乐就是建立好的“歌唱乐器”,就是“发声机器”的训练过程。然而这种单一的将发声技能作为声乐教学的全部的教学方法,是不能真正达到声乐教学效果的。声乐是技术和音乐的结合,它需要一个整体协调的状态,包括情感控制、咬字状态、心理稳定等方面,仅仅练习发声技术不但学不好技术,还会影响歌唱的美感。实际上声乐就是正确的说话,歌唱最终是表达感情的。歌唱的内容是歌曲的音乐情感和音调,其他的练习都是辅的。而且每个人对声乐技术的感受都是不一样的。而教师最终的责任就是帮助学生稳定状态,建立起学生个人的演唱技术状态。优秀的教师是不拘于某种教学模式的,而是通过合适的教学方法达到教学目的。结合多年的教学实践,笔者得知以音乐中心,通过表现音乐形象来调整发声技术的声乐教学方法事半功倍。
一、建立以音乐为中心的整体教学观念
声乐是音乐、诗歌和演唱技巧完美结合的艺术。好的演唱必须建立在科学的发声技巧、丰富的情感体验和浓厚的文化底蕴基础之上。因此,作为教师必须从“重技轻艺”的误区中走出来,使自己具有较高的文学修养、史学修养、语言修养、美学修养和音乐理论修养,建立以音乐为中心的整体教学观念。作为艺术的一个分支,音乐是声乐艺术中的重要内容,教师应从培养学生音乐内心听觉与音乐意象人手,在声乐教学实践中,通过长期刻苦的音乐艺术训练,融入练习者的创造性,并依靠练习者的情感、经历、修养和文化水平的提高不断促进声乐艺术的表现。技与艺,即声与情,一向是歌唱中血肉相连的两个部分。发声、咬字、吐字和隋感的表达构成歌唱的整体,二者不可分割。歌唱的人声是以人身的整体作为乐器从事歌唱的,绝非只靠嗓子、气息或共鸣就能单独完成。歌唱是全身心都参与的一种表演艺术,歌唱应成为诸种因素融汇于一个整体中的扣人心弦的完美艺术。换言之,只有声情并茂,技艺结合,才能使歌唱达到感人的境界,产生沁人肺腑的艺术效果。声与情辩证统一,相辅相成。不论是专业歌唱者还是业余爱好者,在平时的训练中,要加强整体歌唱的意识,使歌唱发声与情感表达同时进行,使声、字、情成为一体,养成用心灵歌唱的习惯。由于每个人的生理条件不同,嗓音也有差异,在声乐教学中整体训练尤为重要,它不仅包括歌唱呼吸的整体训练、歌唱语言处理,歌唱心理的训练等,更重要的还是歌唱的魂——音乐的训练。从开始练声起,就要同音乐结合起来,即练声也要有良好的乐感。音程、音阶的练习中,一方面是肌肉、音准、气息、共鸣等方面的技术练习,同时它们又都是乐曲的组成部分,要给它们以音乐的活力和生命。因此练声一开始,要求每个歌唱者把音程、音阶、练声乐句也唱得悦耳、动听。以上我们可以领悟到,在歌唱发声的过程中,呼吸、共鸣、吐字、表现缺一不可,它们是相互联系、相互促进、相辅相成的,这就是我们所要求的“整体歌唱”的含义。
二、有内涵的练声
歌唱发声练习的目的,简言之,就是将歌曲演唱中对声音所需求的各种技术环节,通过有规律、有步骤的发声练习,逐步提高歌唱发声的生理机能,调节各歌唱器官的协作运动,养成良好的歌唱状态,使歌唱发声的技术成为歌唱表现的有力手段,为达到声情并茂的演唱效果服务。发声练多因为没有歌词的原因,被认为是没有情感内容的,属于纯粹技术练习,如单个音素、音节的发音练习,扩展音域的练习,提炼音质的练习等等。其实不然。即使是单个长音,假使我们用不同的情绪来表达,也将出现多种声音音色、音质的表达方式。在歌唱中“声和情”永远都是紧密联系的。例如:我们在心情愉快时发出的声音是甜润、温暖的,而板着脸孔则会发出冰冷、干涩的声音,即便符合练习要领,声音效果也是差强人意的。发音正确基本方法的掌握,是为了利于更大程度地表情达意,而不是单纯地追求声音。愉快、温暖的发音应是歌唱时的最基本声音色调,它可以使声音柔和悦耳,声随情走,充分做到有声有情,情托声,声含情。
在声乐教学中,练声过程是整体教学过程中的重要环节,如何让学生从枯燥的练声技能中摆脱出来,就需要运用音乐的魅力,发挥练声曲的作用。在练声前,首先要求学生在思想上作好准备,借助发声练习曲调的旋律,诉说自己的心情和愿望,抒发内心的情怀。例如:5432|1——这一短小的练声曲,可以引导学生想象这个练声曲的旋律是对“彩虹”的描绘,提示学生用声音来描绘彩虹的形状,以及用“雨后见彩虹”的欣喜心情来进行发声练习。如此,简单枯燥的练声曲就被赋予了新的意义,学生会用愉快的心情去完成,最终达到练声目的。同时,在发声练习过程中,结合字声练习(带词练习)要求根据词意思维有想象、有意境、有画面、语气有表现、声音有乐感、有感情地去唱。力求做到字正腔圆、以情带声、声情并茂,慢慢地向歌唱歌曲作品过渡。
三、“以情带声”的歌唱训练
歌唱是最富有情感的艺术,更是人类心灵对世界感应的产物,是以歌唱声音为物质材料的人类精神唤醒及生命升华的展开形式,它以独特的艺术表现形式展开其价值,充分体现了人类情感表现的自我创造与追求,是情感的美化和升华。在歌唱的诸多环节中,“情”是最重要的,在歌唱中起主导作用,是声音的灵魂。匈牙利音乐教育家柯达伊指出:“艺术的精髓并不是技术而是心灵,一旦心灵可以毫无障碍地自由表达,便能创造出完整的音乐效果”。意大利著名的歌唱家卡鲁索认为“歌唱是一种乐趣,而不是为了追求一种效果而作的技术挣扎。”他在歌唱时听从心灵的支配,超越技术对他的影响,他的感情是他歌唱中唯一的导师。北京曲艺界也有着“说书一股劲,唱曲一段情”的艺谚,要求演唱者以充沛的内在情感统领、调动声音,以显示情真意切、优美动人的双重艺术魅力。因此,笔者认为在声乐教学中将学生的注意力集中到歌唱的情感表达和歌唱的艺术表现上,会给课程的整个过程带来一个良好的开端。
歌唱前让学生充满激情地朗诵歌词,酝酿感情,根据歌词的内容与情绪决定抑、扬、顿、挫的声调和字的喷口力度,形成自如生动、富有感染力的语气。在此基础上鼓励学生把握歌唱内容所要求的总体形象,在脑海里形成“内心形象”,从内心视觉、听觉上感受音高、节奏、发音及内容表达的理想效果,引导学生感受音乐,表达情感,积极地投入歌唱——即“以情带声”的歌唱。它就好像讲故事时的高低起伏,抑扬顿挫。这种忘掉技术、注重表达歌词内容的歌唱才能打动观众。例如在《节日欢歌》歌唱训练中,启发学生怀着激动兴奋的情绪,表现节日中欢快的气氛。学生在跳跃生动的音乐指引下,自然而然的就能运用光彩明亮、流畅生动的高位置声音来演唱,无须过多的声乐术语做解释。同样在教授歌曲《黄水谣》时,首先让学生了解音乐的背景,以及音乐所要表现的三个截然不同的层面,力图让学生从音乐中感受三种不同的情感,而后的演唱比单从声音技巧来训练、要求学生要有效果。如此的“以情带声”的歌唱训练,充分发挥了音乐的作用,让学生展开了想象的翅膀,使他们从复杂的歌唱技巧中解放出来,从中真正感受到所带来的强大的艺术感染力,体现了歌唱的本质。
从专业学位研究生的特征及社会发展需要出发,抓住工程实践环节特性,提出一种渐进式项目化管理工程实践教育平台机制。该机制以建立项目化管理流程、合约管理考核、多渠道经费投入、双导师制等一系列管理机制为基础,构建工程实践教育平台,从而使得学生、导师、企业、学校四位主体收益。以下是学术参考网小编为朋友们搜集整理的研究生学位论文致谢,欢迎阅读!
岁月如梭,如歌。转眼间,三年的研究生求学生活即将结束,站在毕业的门槛上,回首往昔,奋斗和辛劳成为丝丝的记忆,甜美与欢笑也都尘埃落定。交通大学以其优良的学习风气、严谨的科研氛围教我求学,以其博大包容的情怀胸襟、浪漫充实的校园生活育我成人。值此毕业论文完成之际,我谨向所有关心、爱护、帮助我的人们表示最诚挚的感谢与最美好的祝愿。
本论文是在导师李霞副教授的悉心指导之下完成的。三年来,导师渊博的专业知识,严谨的治学态度,精益求精的工作作风,诲人不倦的高尚师德,朴实无华、平易近人的人格魅力对我影响深远。导师不仅授我以文,而且教我做人,虽历时三载,却赋予我终生受益无穷之道。本论文从选题到完成,几易其稿,每一步都是在导师的指导下完成的,倾注了导师大量的心血,在此我向我的导师李霞副教授表示深切的谢意与祝福!
本论文的完成也离不开其他各位老师、同学和朋友的关心与帮助。在此也要感谢王保民等各位老师在论文开题、初稿、预答辩期间所提出的宝贵意见,感谢管理学院能源课题组为本论文提供的数据和建议,还要感谢同门的师兄师妹们,在科研过程中给我以许多鼓励和帮助。回想整个论文的写作过程,虽有不易,却让我除却浮躁,经历了思考和启示,也更加深切地体会了法学的精髓和意义,因此倍感珍惜。
还要感谢父母在我求学生涯中给与我无微不至的关怀和照顾,一如既往地支持我、鼓励我。同时,还要感谢马元平同学、张乐同学、赵洁同学、王玥同学三年来对我的爱护、包容和帮助,愿友谊长存!
分层辅导是分层教学的重要辅助环节,应贯穿于课前、课中、课后全过程。课前辅导是为课中教学做好铺垫;课中辅导是为了及时给学生排解障碍,避免影响后续学习;课后辅导是为了查漏补缺,再登台阶。分层辅导既要重视帮助学生完成新课学习任务,同时又要重视完善学生的非智力因素,尤其是对后进生更应强化这方面的工作。
对不同层次学生的辅导要采取不同的方式,辅导的重点也应有所差别。对后进生的辅导频次相对要多些,重点是进行基础知识辅导和心理辅导,帮助他们明确学习目的,端正学习态度,克服自卑,重树自信,增加自觉学习的驱动;对中等生的辅导重点是进行基础知识归类辅导和心理状态调整辅导,帮助他们分析知识结构,归纳要点,并着重进行学法指导和思维活动的启发,使之对所学知识有一个明晰的认识、系统的了解,使他们形成良好的学习习惯和较好的自学能力;同时还要督促和鼓励他们向更高目标努力,不断追求上进。对优秀生主要采取鞭策激励方式,多给他们提供一些开发性的问题或介绍一些参考资料,让他们自己去探索、去实践,鼓励他们想象、发
散、求异,以培养实践能力和创新能力。
二、分层测试
日常教学中一般性考试的作用在于检测学生学习目标的达成情况,这种检测无论对于教师的“教”还是对于学生的“学”都是非常有意义的。从“教”的角度讲,可以为教师今后的教学决策提供可靠数据,便于调整和强化教学过程;从“学”的角度说,可以对学生现阶段的学习状况进行诊断,从而为后续学习指明努力的方向。
分层测试所用试卷仍是同样一份试卷,但试卷中的题目有A、B、C三个级别之分。A级题是与A级学习目标相应的基本题。B级题是与B级目标相应的提高题。C级题是与C级学习目标相应的拓展题。要求平常学习目标定位在A级的同学(即后进生)必答A级题,选答其他题;平常学习目标定位在B级的同学(即中进生)必答A级题和B级题,选答C级题;平常学习目标定位在C级的同学(即优秀生)A、B、C三个级别的题目都必须作答。通过这样的分层测试,不仅可以检验各层学生的达标情况,而且也可以鼓励学生(尤其是中等生和后进生)超额完成任务,不断向前努力,争取最大进步。三、分层评价
经常性的反馈是提高教学有效性的保证。教学中,对不同层次学生的自学、讨论、提问、练习、作业、测试等,教师要采用不同的评价方法。评价不应仅仅着眼于某个学生所处的层面上,还要以发展的观点,充分挖掘学生学习中的闪光点,以激励方式给学生客观、公正、科学的评价,以此来调动学生学习的积极性,激发他们内在的学习动机。对后进生要采用表扬评价,发现并肯定他们取得的点滴进步,使其看到希望,消除自卑,树立自信,感受学习成功的喜悦;对中等生要采用激励评价,即肯定成绩,揭示不足,指明努力方向,促使他们不甘落后,积极进取;对优等生采用竞争评价,坚持高标准、严要求,促使他们谦虚严谨,努力拼搏,不断超越自我。总之,要让教师的评价不仅成为强化或矫正所学知识的手段,而且成为激发各层次学生搞好学习的催化剂。
在这一环节中教师应充分发挥评价的激励导向功能,鼓励学生在达成各自原定学习目标之后继续前进,在争取实现高一层次学习目标的努力中使自己得到最大限度的发展。
四、分层作业
作业是课堂教学的重要延伸和必要补充。通过作业,可有效地训练和提高学生对知识的理解能力、分析能力及迁移运用能力。从一定意义上讲,作业是促进学生巩固新学知识、将知识转化为能力的必不可少的重要环节。为使不同层次的学生都能通过作业得到应有的能力发展,教师对作业也要做到分层布置,允许不同层次的学生根据自己的能力完成不同数量和不同难度的作业。
为使分层作业的要求能够真正促进各层学生取得应有的进步,在实施该环节的过程中,教师需要注意以下几点:①作业分层要求,允许不同层次的学生完成不同数量和不同难度的作业,但需防止某些学生将之当成不做作业或少做作业的借口。②分层作业使得不同层次的学生都有机会在作业中证明能力,表现进步,增加自信,感受成功的喜悦,教师要对学生作业的积极表现(如正确率高、书写认真规范、超额完成作业量等)及时地给予肯定评价,以激发学生更加努力学习的热情。③对学生作业中出现的各种问题(或是作业态度的或是学科知识的)都要及时地帮助解决。普遍性的问题集中解决,不同层次学生的问题分层解决,个别学生的问题个别解决。如果是作业题目方面的问题,还可发挥学习小组成员间的协助作用,这样既可减轻教师的负担,也有助于学生间的相互学习、相互促进、共同提高。
[摘要]针对高中生物学科如何通过教学来实现全体学生都能获得充分发展这一问题,本文提出了分层辅导、分层测试及分层评价的分层教学,它有利于满足不同层次水平学生的发展需要,较好地处理了面向全体和因材施教之间的矛盾,培养了他们的自学能力、交往合作能力和自我发展能力。
[关键词]分层教学分层辅导分层测试分层评价
参考文献:
一、正在出现的技术
Klingler(Lncytepharmaceuticals,PaloAlto,CA,USA)强调基因组学正推动制药业进入信息时代。随着不断增加的序列、表达和作图数据的产生,描述和开发这些数据的信息工具变得对实现基因组研究的任务至关重要。他谈到了Incytepharmaceuticals对大规模基因组数据和生物信息学的贡献。
Lipshutz(Affymetrix,Santaclara,CA,USA)描述了一种利用DNA探针阵列进行基因组研究的方法,其原理是通过更有效有作图、表达检测和多态性筛选方法,可以实现对人类基因组的测序。光介导的化学合成法被应用于制造小型化的高密度寡核苷酸探针的阵列,这种通过软件包件设计的寡核苷酸探针阵列可用于多态性筛查、基因分型和表达检测。然后这些阵列就可以直接用于并行DNA杂交分析,以获得序列、表达和基因分型信息。Milosavljevic(CuraGen,Branford,CT,USA)介绍了一种新的基于专用定量表达分析方法的基因表达检测系统,以及一种发现基因的系统GeneScape。为了有效地抽样表达,特意制作片段模式以了解特定基因的子序列的发生和冗余程度。他在酵母差异基因表达的大规模研究中对该技术的性能进行了验证,并论述了技术在基因的表达、生物学功能以及疾病的基础研究中的应用。
二、基因的功能分析
Overton(UniversityofPennsylvaniaSchoolofMedicine,Philadelphia,PA,USA)论述了人类基因组计划的下一阶段的任务——基因组水平的基因功能分析。这一阶段产生的数据的分析、管理和可视性将毫无疑问地比第一阶段更为复杂。他介绍了一种用于脊椎动物造血系统红系发生的功能分析的原型系统E-poDB,它包括了用于集成数据资源的Kleisli系统和建立internet或intranet上视觉化工具的bioWidget图形用户界面。EpoDB有可能指导实验人员发现不可能用传统实验方法得到的红系发育的新的药物靶,制药业所感兴趣的是全新的药物靶,EpoDB提供了这样一个机会,这可能是它最令人激动的地方。
Sali(Rockefelleruniversity,NewYork,NY,USA)讨论了同源蛋白质结构模建。比较蛋白质模建(comparativeproteinmodeling)也称为同源模建(homologymodeling),即利用实验确定的蛋白质结构为模式(模型)来预测另一种具有相似氨基酸序列的蛋白质(靶)的构象。此方法现在已经具有了足够的精确性,并且被认为效果良好,因为蛋白质序列的一个微小变化通常仅仅导致其三维结构的细微改变。
Babbitt(UniversityofCalifornia,SanFrancisco,CA,USA)讨论了通过数据库搜索来识别远缘蛋白质的方法。对蛋白质超家族的结构和功能的相互依赖性的理解,要求了解自然所塑造的一个特定结构模板的隐含限制。蛋白质结构之间的最有趣的关系经常在分歧的序列中得以表现,因而区分得分低(low-scoring)但生物学关系显著的序列与得分高而生物学关系较不显著的序列是重要的。Babbit证明了通过使用BLAST检索,可以在数据库搜索所得的低得分区识别远缘关系(distantrelationship)。Levitt(Stanforduniveersity,PaloAlto,CA,USA)讨论了蛋白质结构预测和一种仅从序列数据对功能自动模建的方法。基因功能取决于基因编码的蛋白质的三级结构,但数据库中蛋白质序列的数目每18个月翻一番。为了确定这些序列的功能,结构必须确定。同源模建和从头折叠(abinitiofolding)方法是两种现有的互为补充的蛋白质结构预测方法;同源模建是通过片段匹配(segmentmatching)来完成的,计算机程弃SegMod就是基于同源模建方法的。
三、新的数据工具
Letovsky(JohnshopkinsUniversity,Baltimore,MD,USA)介绍了GDB数据库,它由每条人类染色体的许多不同图谱组成,包括细胞遗传学、遗传学、放射杂交和序列标签位点(STS)的内容,以及由不同研究者用同种方法得到的图谱。就位置查询而言,如果不论其类型(type)和来源(source),或者是否它们正好包含用以批定感兴趣的区域的标志(markers),能够搜索所有图谱是有用的。为此目的,该数据库使用了一种公用坐标系统(commoncoordinatesystem)来排列这些图谱。数据库还提供了一张高分辨率的和与其他图谱共享许多标志的图谱作为标准。共享标志的标之间的对应性容许同等于所有其它图谱的标准图谱的分配。
Markowitz(LawrenceberkeleyLaboratory,Berkeley,CA,USA)讨论了分布式数据库与局部管理的关系,以及用基于工具的方法开发分子生物学数据库(MDBs)的问题。许多方案当前正在促进搜索多种不同来源MDBs的数据,包括建立数据仓库;这要求对各种MDBs的组合有一种全局观,并从成员MDBs中装填数据入中心数据库。这些方案的主要问题是开发整体视图(globalviews),构建巨大的数据仓库并使集成的数据库与不断发展中的成员MDBs同步化的复杂性。Markowitz还讨论了对象协议模型(objectprotocolmodel,OPM),并介绍了支持以下用途的工具:建立用于文本文件或者关系MDBs的OPM视图;将MDBs作成一个数据库目录,提供MDB名称、定位、主题、获取信息和MDB间链接等信息;说明、处理和解释多数据库查询。Karp(SRIinternational,MenloPark,CA,USA)解释了Ocelot,一种能满足管理生物学信息需求的面向对象知识陈述系统(一种面向对象系统的人工智能版)。Ocelot支持略图展开(schemaevolution)并采用一种新的最优化并行控制机制(同时进行多项访问数据的过程),其略图驱动图形编辑器提供了交互式浏览和编辑功能,其注释系统支持数据库开发者之间的结构通讯。
Riley(MarinebiologicalLaboratory,WoodsHole,MA,USA)在讨论大肠杆菌蛋白质的功能同时,特别提到了GPEC数据库,它包括了由实验确定的所有E.coli基因的功能的信息。该数据库中最大比例的蛋白质是酶,其次则为转运和调控蛋白。
Candlin(PEappliedBiosystems,FosterCity,CA,USA)介绍了一种新的存储直接来自ABⅠPrismdNA测序仪的数据的关系数据库系统BioLIMS。该系统可以与其它测序仪的数据集成,并可方便地与其它软件包自动调用,为测序仪与序列数据的集成提供了一种开放的、可扩展的生物信息学平台。
Glynais(NetGenics,Cleveland,OH,USA)认为生物信息学中最关键的问题之一是软件工具和数据库缺乏灵活性。但是,软件技术的发展已得到了其它领域如金融业和制造业的发展经验的借鉴,可以使来自不同软件商的运行于各种硬件系统的软件共同工作。这种系统的国际标准是CORBA,一种由250多个主要软件和硬件公司共同合作开发的软件体系。联合使用CORBA和Java可以开发各种通过一个公用用户界面访问任何种类的数据或软件工具的网络应用软件,也包括生物信息学应用软件。Overton不同意Glynias的这种想法,他强调说CORBA仅对软件集成有用,不兼容的数据库软件可能是计算生物学所面临的最困难问题,一些制药公司和数据库仓库最近资助了一项用OCRBA链接不同的数据库的计划[2,3]。
四、制药先导的发现
Burgess(Sturcturalbioinformatics,SanDiego,CA,USA)讨论了填补基因组学和药物设计之间鸿沟的蛋白质结构中的计算问题。在缺乏主要疾病基因或药物靶的精确描述数据的情况下,药物设计者们不得不采用大规模表达蛋白质筛选方法;而结构生物信息学则采用一种更为实用有效的计算方法直接从序列数据中确定靶蛋白质的活性位点的精细结构特征,它利用一种集成专家系统从现实的或虚拟的化学文库中进行迅速的计算筛选,可以达到一个很大的规模。
Elliston(Genelogic,Columbia,MD,USA)讨论了治疗药物开发中发现新的分子靶的过程,着重讨论了基因发现方法。他认为,随着日益临近的人类基因组测序的完成,几乎全部基因的特征将在序列水平得到揭示。但是,对基因的认识将有赖于更多的信息而不仅仅是序列,需要考虑的第一类信息是转录表达水平信息,而Genelogic公司的GeneExpress就是一个由mRNA表达谱、转录因子位点、新基因和表达序列标签组成的数据库。
Liebman(Vysis,Downessgrove,IL,USA)介绍了Vysis公司开发的计算和实验方法,这些主法不仅用于管理序列数据,而且被用于以下用途:分析临床数据库和自然—突变数据库;开发新的算法以建立功能同源性(区别于序列同源性)模拟生物学通路以进行风险评估;药物设计的靶评估;联系复杂的通路特性以便识别副作用;开发疾病发展的定性模型并解释临床后果。
随着发现的新基因的日益增多,这个问题显得格外重要:基因的功能是什么?Escobedo(Chirontechnologies,Emeryville,CA,USA)提出了这个问题的一种方法:将分泌蛋白质的基因的功能克隆与筛选这些克隆(可能的药物靶)结合起来。在这种方法中,在微粒体cDNA文库池中进行体外翻译避免了劳动密集的克隆、表达和纯化步聚,对文库池中的翻译产物在细胞水平进行筛选,测试其在细胞增殖和分化中的作用。例如,在用这种方法识别的111个克隆中,56个属于已知的分泌蛋白质,25个为膜相关蛋白,另外30个功能未知,可能是新的蛋白质。一种相似的方法在转移到小鼠模型系统中的基因传导载体中构建分泌蛋白质的cDNA文库来克隆特定的功能基因。
Ffuchs(Glaxowellcome,ResearchTrianglePark,NC,USA)讨论了生物信息学更为广义的影响:它不仅影响到新药物靶基的发现,还对改善药物开发的临床前期和临床期的现状极具重要性。众所周知,涉汲数以千计病人的临床试验(可能是药物开发最为花钱的部分)的设计不论多么仔细,也不能为正确的药物选择正确的病人。而在基因组水平划分病人群体的方法可以大大改善发现新药的效率。Fuchs介绍了一种将病人的基因型和表型标志结合起来以改善临床前期和临床期药物开发过程的系统GeneticinformationSystem.他强调将遗传学和生物信息学数据同化学、生物化学、药理学和医学数据连接起来的集成信息管理和分析方法是极其重要的。
Green(HumanGenomeSciences,Rockville,MD,USA)介绍了他的测序工作中采用的数据管理工具。基于EST的测序方法所面临的挑战是,在对几百个cDNA克复测序之后,产生的数据堆积如山。由于大多数人类基因都是用这种方法发现并在么有数据库中分类编排的,面临的识别开放读框、重叠序列的重叠图谱、组织特异表达和低丰度mRNA基因的任务是令人生畏的。HumangenomeSciences公司开发了一些可用户化数据库工具,在同一个数据库中可包括以下功能:WWW上访问和检索数据,序列拼接,临视潜在药物靶基因的研究进展等。这些能够管理多项任务——从注释基因序列到成功开发基因产物进入药物发现的流程——的软件工具,极其可望从一种基于基因组知识的药物发现方法中得到新的药物靶。
Summer-Smith(Base4bioinformatics,Mississauga,Ontario,Canada)描述了一种相关的策略。药物发现阶段中所要求的软件工具的任务是多样化的,要能注释基因,并阐明它的生理和病理功能及其商业潜质。对这样多种来源的信息的集成与分析,在派生的、项目取向的数据库(project-specificdatabase,PSD)中可以很好完成。由于项目贯穿于发现到开发全过程,其间又不断加入背景的成员,PSD在项目的管理与发展中成为一种关键性的资源。
按照Smith(Bostonuniversity,Boston,MA,USA)的观点[2],我们并不需要更快捷的计算机或更多的计算机科学家,而是需要更的生物学家和生物化学家来解释序列的功能。这对有些软件或硬件专家来说是个打击,但生物学系统的复杂性是令人生畏的,并且对基因功能的认识可能需要生物学方法和计算方法的结合。探索基因的功能很可能要花费生物学家们数十年的时间,本次会议表明没有任何单一的方法可以得出一个答案;但是,将计算生物学同大规模筛先结合起来识别一种化学靶物(hit)是一种产生化学工具来探索基因功能的方法,这些化学工具接下来就可以用作理解基因功能的“探针”。这种方法在Butt(GeneTranscriptionTechnologies,Philadelphia,PA,USA)的描述中,既是一种检查基因功能的简单方法,也是为潜在的药物靶发现化学先导物的简单方法,他描述了一种可以在酵母中重建人类基因功能的酵母大规模筛选系统。在此系统中,可以迅捷地在一个化学文库中发现配基。这种技术的重要特征是它不仅仅是发现一种药物靶的配基的筛板(screen),相反,由于该系统的高速度,它也是发现先导靶基因的一种筛板。过去,世界上的制药公司通常在某一时间内仅能对有限数目(约20多个)的药物靶基因进行工作,鉴于此,我们需要根本不同的方法如基因组学来打开通向“新”生物学的通路。由于机器人和合成化学的进步,药物发现中最关键的问题不再是得到一种先导化合物(leadcompound),而是得到导向靶基因。此次会议为从计算和实验方法中发展出的新生物学迈出很好的一步。
参考文献
1LimHA,BatttR.TIBTECH,1998;16(3)):104