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1择业态度分析调查显示,体育教育训练学的研究生就业前景较为乐观,而运动人体科学的研究生对就业前景最为悲观,这可能由于目前体育教育的岗位需求较多。仅有24人有读博的意愿,其中有半数认为目前就业压力比较大,继续升学有助于找到更为理想的工作岗位。对就业单位的选择,学校、国家机关和国有企业排在了前三位,因为选择此类国有单位待遇好、工作稳定。沿海开放城市、省会城市等经济较发达地区对研究生吸引力较强,机会多、收入高是主因。国家急需人才的边远或农村地区选择较少,条件艰苦、收入不高、物价上涨、来自家庭的压力成为主要制约因素。工资收入是研究生较为关注的问题。大部分研究生期望月薪在3000至5000元。主要因为研究生自我评价高于本科生,认为应当取得高额回报。
2择业行为准备分析对于关注有关就业信息的时间,选择研二期间占大多数。大多数研究生表示,研三期间涉及毕业论文和找工作两项大事,提前准备较为有利。就业信息获取渠道畅通与否,决定了研究生是否能够获得更多的就业机会。社会性职业介绍网站和学校就业网站被研究生认为是获取就业信息的主要渠道。这有利于研究生拓宽就业视野,学校就业网站对于研究生就业所学专业更有针对性。
3择业需求分析更多的单位介绍和招聘信息和更多的有关面试和演示的技巧介绍成为研究生选择最希望得到的求职信息的前两项。增加应聘次数和提升面试成功率将有助于研究生找到心仪的工作。充分发挥学校毕业生就业指导中心的作用是帮助研究生找到理想工作的重要途径。学校应通过必要的就业指导服务,帮助毕业学生走上一条既适合自身发展又符合社会发展需要的道路。当前研究生认为学校毕业生就业指导和服务应大力加强或改进的内容主要集中在收集提供就业信息、向社会毕业生的有关情况和信息、帮助毕业生推荐工作单位和求职应聘技巧指导这几个方面。研究生在自身增强就业能力上通常采取认真补习专业知识、找兼职工作、参加职业技能培训等方式。这表明研究生普遍意识到在复杂多变的社会环境中,若想在就业中取得优胜,不但需要努力学好本专业基本知识、技术、能力,还要培养自身的人际交往能力、团队合作能力等能力。研究生找工作时考虑的主要因素是单位性质、薪酬高低、个人发展和公司规模。大部分研究生期望拥有良的工作发展环境和丰厚的待遇。但是毕竟当前这样的岗位少、竞争激烈,如果研究生面对挫折不能够调整选择心态,容易导致失业。当前研究生就业指导获取的主要来源主要有社会媒体、学校就业指导中心及学校各教师。对于即将走出校园步入社会的研究生,就业指导信息获取与吸收决定了他们应聘的成功率。丰富指导内容、扩大指导范围,将提升研究生应聘技巧,帮助其顺利找到工作。研究生认为在求职过程中主要的困难在于信息量少、自身优势不易发挥、求职方法技巧欠缺以及自身对社会缺乏足够了解这些方面。这表明一方面研究生总体数量的扩大影响到了社会供需平衡,另一方面大部分研究生对自己将来在社会的定位不太准确,感觉到社会需求和学校所学存在一定脱节。
二.结束语
1.非指导性教学的教育目标。以往的教育更多的是教师传递给学生知识和技能,教育不断地在改变和完善,从之前的双基发展到三维目标,更多的是传授给学习者知识与技能,过程与方法,情感态度与价值观。所以在如今的社会中,能够促进变化才是唯一有意义的教育目标。罗杰斯这样定义教育的目标,那就是不断学习和促进变化,真正的受教育的人是能够理解并做到不断地改革自身,懂得终身学习的人。学习应当不断地接受新知识,不断地使自身的知识得到升华。罗杰斯的教育目标是在学习知识的时候促进变化,这就需要教师在传授知识的同时注重人的感情与精神和价值等各个方面的学习。2.非指导性教学的思想是以人为中心。非指导性教学的教学思想不是传统意义上的以教师为中心,也不是以学生为中心,而是以人为中心的一种教学理念,教育不是一定要分为学生和教师相对独立的中心,两个个体本来就应当相互协调,相互促进。教师传授给学生知识和经验,学生进行学习和吸收。所以教师是整个学习过程的促进者,促进学生的学习和成长,学生自己掌握学习的进度和学习的控制权。教师和学生相互促进,相互成长。非指导性教学体现的是教师与学生的共同发展,教学过程是教师与学生共同参与的过程,课堂是教师与学生互动的载体,教师与学生之间是以相互学习者的姿态参与整合学习过程中。因此非指导性教学的核心思想就是以人为本的教学理念,强调综合发展,不仅是知识与技能,更多的是情感态度与价值观的形成与培养。这正是罗杰斯所提倡的有意义的学习,会给予学生理解、关注、真诚,把学生当成敏感的、有意识的人来对待,学生会学到更多的知识,行为表现也会更好。
二、非指导性教学特征
1.重视合作学习。非指导性教学模式的教学特征是比较重视合作性的学习模式。非指导性教学模式认为教学活动是一种双边活动,是教授者和学习者之间的相互学习、相互交流、相互合作的一种学习方式。学生在交流和合作的学习过程中进行对知识的掌握和未知的探索。重视合作学习,提高学习者的素养,合作学习和自主学习不是两个完全冲突的概念,自主学习需要探究和合作,在研究生阶段自主学习的过程中当自己经过探究尚不足以解决问题时,需要他人的帮助以此解决自己的疑惑。探究性学习依赖于自主学习和合作学习。在研究生学习过程中,每个人都具有独立的思考能力,基于个人的思维局限,每个人对问题的认知存在不同,因此学生需要在学习过程中既侧重自主探索,也要学会与他人合作,以此达到相互学习、共同发展的目的。2.尊重个体差异。非指导性教学模式尊重受教育者的个体差异性,每个受教育者因为其原有的背景和所拥有的知识经验各不相同,所表现出来的学习能力、认知水平都是不同的。非指导性教学模式推崇的是尊重受教育者的个体差异性,受教育者是具有独创性的个体,教育更多的应该是鼓励每个学生做自己,发展每个学生的独特性,做到因材施教。在教学评价上,不以统一的标准衡量多样化的个体,不做横向比较,而是要将学生的学习过程作为评价的重要标准,侧重评价学生动态性的学习过程,如对学生的评价标准要侧重考察其在原有基础上的进步程度。
三、非指导性教学对研究生自主学习的启示
1.注重体验式学习。研究生学习阶段就需要自主学习、自我创新,这一阶段需要的是个性化的指导,比较个性化的教学目标能适合研究生的学习阶段,这就需要体验式的学习。非指导性教学模式重视体验式的学习,这个和目标式的教学目标不同。目标式教学目标主要是指受教育者应当达到一个什么样的学习目标和成果,注重的是最后的结果。体验式学习更多的是在研究生自主学习的基础上,重视学习的氛围和整个情景式的体验学习。这样在研究生自主学习期间可以更好地学习所学到的知识。研究生在研究课题或者钻研自己的学习内容时可以通过实地考察、学习契约、社会实践、小组学习、个体独立学习等形式进行体验式学习。2.倡导学习契约。学习契约又叫作学习合同,是由受教育者和知识传授者一起围绕情景展开共同的协商,设计、实施、评价的学习计划、步骤,以书面协议的形式呈现出来。研究生自主学习的同时应当倡导学习契约,和自主学习相结合学习技能和钻研专业知识。学习契约的最终是要在契约开始前明白契约要解决的是什么问题,能够从契约中学习到什么。但是这份契约不都是以教授者或者是学习者相对独立的中心,需要相互结合使最后的发展更好,学习的知识经验更多更丰富。对学习者而言,学习任务的制定应该有一定的挑战性,同时教授者要避免过多地指导将承担学习责任的机会给予接受知识者。研究生自主学习的同时可以利用学习契约更好地解决在学习知识经验中所存在的问题。3.重视讨论与交流成果。非指导性教学模式是重视互相讨论与交流学习成果的,研究生在自主学习之后也应当和他人互相交流和讨论学习成果,成果分为显性成果和隐性成果。显性成果是一些实质的成果,如报告、展板、刊物等。隐性指的是一些学习生活中的经验、知识、技能等。交流无论与何种形式展开都不能流于形式,因为交流成果也是非指导性教学模式的一个重要组成部分。在学习活动中,我们应该做到的是技能的提高和自身人格品质的提升,培养自身的创造性,所以研究生在学习阶段更重要的是锻造独创性,学生需要在自主学习的同时重视讨论和交流成果。
作者:宣海宁 蒋大霞 陈迪 单位:信阳师范学院教育与科学学院
参考文献:
[1]朱丽丽.基于非指导性教学思想的阳光体育运动推广模式研究[D].山东大学,2011
从专业学位研究生的特征及社会发展需要出发,抓住工程实践环节特性,提出一种渐进式项目化管理工程实践教育平台机制。该机制以建立项目化管理流程、合约管理考核、多渠道经费投入、双导师制等一系列管理机制为基础,构建工程实践教育平台,从而使得学生、导师、企业、学校四位主体收益。以下是学术参考网小编为朋友们搜集整理的研究生学位论文致谢,欢迎阅读!
岁月如梭,如歌。转眼间,三年的研究生求学生活即将结束,站在毕业的门槛上,回首往昔,奋斗和辛劳成为丝丝的记忆,甜美与欢笑也都尘埃落定。交通大学以其优良的学习风气、严谨的科研氛围教我求学,以其博大包容的情怀胸襟、浪漫充实的校园生活育我成人。值此毕业论文完成之际,我谨向所有关心、爱护、帮助我的人们表示最诚挚的感谢与最美好的祝愿。
本论文是在导师李霞副教授的悉心指导之下完成的。三年来,导师渊博的专业知识,严谨的治学态度,精益求精的工作作风,诲人不倦的高尚师德,朴实无华、平易近人的人格魅力对我影响深远。导师不仅授我以文,而且教我做人,虽历时三载,却赋予我终生受益无穷之道。本论文从选题到完成,几易其稿,每一步都是在导师的指导下完成的,倾注了导师大量的心血,在此我向我的导师李霞副教授表示深切的谢意与祝福!
本论文的完成也离不开其他各位老师、同学和朋友的关心与帮助。在此也要感谢王保民等各位老师在论文开题、初稿、预答辩期间所提出的宝贵意见,感谢管理学院能源课题组为本论文提供的数据和建议,还要感谢同门的师兄师妹们,在科研过程中给我以许多鼓励和帮助。回想整个论文的写作过程,虽有不易,却让我除却浮躁,经历了思考和启示,也更加深切地体会了法学的精髓和意义,因此倍感珍惜。
还要感谢父母在我求学生涯中给与我无微不至的关怀和照顾,一如既往地支持我、鼓励我。同时,还要感谢马元平同学、张乐同学、赵洁同学、王玥同学三年来对我的爱护、包容和帮助,愿友谊长存!
论文摘要:从科学发展观的视野关照学生评教,不难发现,目前各校盛行的学生评教在一定程度上危及教学质量,危害诚信教育,干扰日常管理,影响师生关系,阻碍教学改革。为了教学的可持续发展,探讨学生评教的合理性,改善现行的学生评教实属必要。
学生评教,本是指学生对任课教师的教学态度、教学方法、教学组织安排、教学效果、语言表达、科学性与板书、教态、批改作业情况、作业量、辅导情况等进行评价,给每一项内容打上相应的等级,反馈给任课教师的活动,旨在提高教学质量。然而,很多学校却往往以学生评教的结果来裁定教师的教学水平,更为甚者,还将它简单地与教师的工资、福利、职称评定与奖金等挂钩。从科学发展观的视野看,学生评教的第一要义应是发展,核心应是以人为本,基本要求应是全面协调可持续发展,根本方法应是统筹兼顾。可见,现行的学生评教在彰显某些进步意义的同时,也凸现着多种弊端,剖析其弊端并探讨相应对策实为重要。
一、学生评教的弊端
1危及教学质量
研究表明,现行的学生评教不仅对提高教学质量的贡献不大,反而因为多种主客观原因而危及教学质量。
首先,学生评教可能会使教师尽量降低教学目标。现实中发现,学生评教的实施,让广大教师产生了一种畸形的压力,不少教师为了获取“学生公认的优良教学效果”,以之换取学生评教高分,不惜牺牲课程标准的底线,在内容与深度上降低了对学生的起码要求,尽量放低教学目标,更有甚者,极不负责地向学生承诺课程结业时给其“满意”分数。其实,教师降低教学目标就是降低了对学生的期望。一方面,随着教师对学生期望的下降,学生的学业成就也会跟着下降;另一方面,教师对学生期望值的下降,其实预示着教师放松了对学生学业的监督与评定,学生事实上成了学业的自我监督与评定者。毋庸置疑,“让学生来监督与评定自己的学业,很可能会让他们放松学习上的要求,降低学业标准。”
其次,学生评教可能会令教师忽视课堂管理。现今的课堂,学生逃课与扰乱秩序的现象屡见不鲜,然而,出于功利,许多教师对此视而不见。原因何在?很多教师颇有感触地说:“我担心管这类事的话,事中所涉及的学生在评教时就会给我打很低的分,如此一来,我的名与利都会受到影响。倒不如睁一只眼闭一只眼,课程结业时给他们一个称心分数,如此,他好我好,大家和气一堂,岂不更好?”
再次,学生评教可能会降低教师的工作热情。笔者在调研中了解到:某高校的一位省级教学名师兼省级先进班主任,其学校领导、教学督导、同行教师等一致认为他的课上得非常好。不料,学期末他的学生评教得分仅为60多分,而其他教师的得分普遍都在80分以上。原因在于,该教师平时对学生各方面的要求稍微严格了些、拔高了些。如果这样的案例多了,教师的工作热情自然也就降低了,教学质量很难不滑坡。
最后,学生评教可能会挫伤教师的讲课激情。由于学生评教给学生提供了一个“遏制”、“监督”与“威胁”教师的平台,学生在课堂上的自由度猝然飘升,而教师在课堂上的顾虑度却陡然加重,无疑影响教师上课时的情感投入,讲课激情自然弱化。讲课的激情降低,教学效果自然不好。
2危害诚信教育
根据教育具有教育性的规律,诚信教育虽是思想政治教育与德育的主要内容,但也可伴随其他课程的学习而获得。渗透着功利的教育,不可能是诚信教育。如果师生双方直接存在着某种功利,那么,不仅学生不可能接受诚信式的教育,而且教师也不可能给学生教育上的诚信。
为了博取一个理想的分数,有些学生公然以评教为交易筹码,直接向老师“要”成绩。可荒唐的是,学生的这一招居然屡屡得手!
为了获取学生评教的高分,教师自觉或不自觉地与学生联手导演了一幕又一幕功利性的“戏剧”,比如故意降低教学目标、有意忽视课堂管理、刻意追求与学生的畸形和谐、蓄意给学生高分……
3干扰日常管理
很多教师惟恐加强课堂管理会“得罪”部分学生,担心这部分学生在评教时给自己打低分,因此,对于学生逃课以及干扰课堂的现象与行为,很多教师表现得麻木不仁,他们不敢管,也不愿管。由于教师与学生“狼狈为奸”,因此,对于学生的许多违纪现象与行为,教务部门与学工部门不得而知。失去了教务部门相关约束与学工部门相应督促的大学生,其结果是“‘逃课’与‘谈恋爱’、‘醉酒’、‘重修’,一起成了他们另外必修的四个重要学分”。显然,学生评教会间接地干扰日常管理。
4影响师生关系
学生评教的实施,彻底打破了传统师道尊严的格局,严重威胁着传统尊师爱生的优良风尚。对教师来说,考虑到学生可以充分利用评教这一有效平台遏制自己,担心自己的某些言行“冒犯”学生而遭之报复,故与学生交往时显得分外小心翼翼,更有甚者,时刻提防学生,与学生交往时总怀有一定的戒备心理;就学生而言,动辄就欲借评教这一平台要挟教师,其逻辑是:您若“跟我过不去”(或者指教师对自己违纪行为进行干涉,或者指教师对自己逃课行为进行检举,或者指教师没有给一个令其满意的分数),我就在评教时让您难堪。显而易见,学生评教给师生关系带来了严峻的挑战,潜在地给师生关系蒙上了一层诡秘的面纱,致使师生关系异化。
5阻碍教学改革
毋庸置疑,教学改革涉及学生的利益。出于某种利益的思考,学生也会阻碍改革。比如:为了增强教学效果,教师特意将某部分内容的教法从讲授改为讨论。如此一来,教师便会事先让学生查阅相关资料与操作相关实验,这样做,无疑会占用学生其他的时间。假如学生的学习积极性不高,自然就会埋怨甚至敌视教师,继而不按教师的要求做准备。结果,教师虽然精心为讨论课做了安排,但由于缺少学生的配合,效果还不如讲授课。然而,面对此境,教师很可能选择默默忍受。因为顾及学生评教的压力,教师不敢或不愿“得罪”学生。而且,为了避免再次出现“为难”学生的尴尬局面,教师以后当然就会沿袭讲授法。由此可见,学生评教在某种程度上对教学改革是存在阻力的。
二、改善学生评教的对策
1准确把握学生评教的初衷
准确把握学生评教的初衷是实施学生评教的前提。从教学管理的角度看,“学生评教的真正指向仍应是学生,主要是为了提高教学质量,为了学生的发展”。学生参与评教的根本目的本是为了更准确地反馈课堂教学信息,以便学校领导、教务部门、各院(系)分管教学的负责人以及任课教师更好地把握课堂教学的真实情形,从而进一步提高课堂教学效果与教学质量。可现实中的学生评教却演变为学生对教师及其教学状况的评价,而事实上的学生评教竟然异化为学生“制约”教师的平台,更为甚者,一些学校居然还将学生评教的结果同教师的职称评定与奖金发放等简单挂钩。
面对学生评教的畸变与异化,学校领导、教务部门以及各院(系)分管教学的负责人不可熟视无睹。为了切实提高课堂教学效果与教学质量,理应迅速斧正学生评教的方向,准确把握学生评教的初衷,以便学生评教早日走上正轨。
2切实制定学生评教的量表
制定切实的学生评教指标是实施学生评教的基础。目前,各校制定学生评教的量表时相互模仿,甚至有些学校干脆复制或克隆他校的评教量表,致使各校施行的学生评教量表大同小异。教育管理学的相关研究表明,学校类型不同,其定位自然有别,人才培养目标必定存在差异,社会衡量它的人才质量标准当然不会一样。因而,人才质量不应是抽象的、笼统的质量,而应是与不同类型学校相对应的质量。同样,教学质量也应该是相对于不同类型学校而言的质量,也就是说,各校预期的教学质量应该是有区别的。因此,各校的学生评教量表理当有别。教育文化学的相关研究同样指出,“任何成功的、有效的教学,都应是多元化的教学”,不仅教学大纲应是多元的,而且各种评价也应是多元的。为此,各校应从自己的校情出发,制定一套合情合理的、行之有效的学生评教量表。
3合理引导学生评教的开展
合理引导学生评教的开展是实施学生评教的关键。现阶段,各校学生评教的开展基本上缺乏合理引导。一般是事先在网上或纸上以文字形式罗列评教的各项指标,然后在某一集中时间让每个学生对着各项指标逐个对各任课教师进行标定,最后由计算机自动统计或指定专人进行统计。许多实践表明,“学生如此评教的随意性较大,其可信度理当值得质疑与推敲”。
确保学生评教的合理实施,应该做到:首先,领导学生正确认识学生评教的本真目的;其次,指导学生准确理解各项评价指标的本真内涵;再次,教导学生客观公正地评价任课教师及其课堂教学状况;最后,倡导学生评教过程民主化。这样做,能有效避免学生评教的主观性、虚伪性、模糊性与报复性。
4正确处理学生评教的结果
正确处理学生评教的结果是实施学生评教的保障。当前盛行的学生评教之所以在现实中暴露出如上所述的诸多弊端,主要是因为没有能够正确处理学生评教的结果。我们认为,对学生评教结果的正确处理,应该着重把握以下几点:
第一,具体问题具体分析。当学生评教的结果出来后,千万不要简单地看统计数据,更不要根据统计数据简单地加以推测与预测;而应该针对每个教师课堂教学的实际情况(比如公共课与专业课及选修课、大班授课与小班授课、理论课与实践课、文科课程与理科课程等讲授的风格与效果肯定有异),并结合其他评价方式(如同行评价、教学督导评价等)所得到的数据进行具体分析。比如,对于同样一个教师,也许同行给了他很高的评价,但学生对他的评价也许不高;又如,同样一个老师,上其专业课的学生可能给了他很高的分数,而上其公共课或选修课的学生却给了他很低的分数;再如,同样一位教师,小班的学生可能给了他一个高分,而大班的学生却可能给他一个低分,……那么究竟应该以谁为评教依据呢?取平均分的做法合理吗?这就应该具体问题具体分析。
第二,统整评教结果,不能以偏概全。处理学生评教的结果时,应该整合各项指标的评价情况,对教师的教学状况进行全面分析,切忌以点带面。
第三,凸显主要关节,凹隐次要细节。分别给评教量表中各项分指标以权重,确保与教学质量愈相关的指标权重愈大。比如,对于“是否按时上下课”与“教学手段是否合理”这两项分指标来说,前者在整个项目中所占积分的权重就应该比后者小。
第四,允许教师作适当的申辩。从教育的生命论角度看,教育的实践形态本应“从独自到对话”,因而,教学评价不能“独白化”。对于学生评教的结果,教务部门应作初步统计后迅速反馈给教师本人,充分给予教师申辩的权力与时间。如果教师认为有必要,教务部门可安排他与评教的学生展开一次深层次的心灵对话,之后,让学生再次进行评教,直到师生双方心服口服或基本满意为止。
第五,切忌简单地将学生评教结果与教师所敏感的问题挂钩。比如不要简单地将学生评教结果与教师的职称评定与奖惩措施挂钩,以免教师对学生评教神经过敏,从而出现故意迎合学生口味、不敢或不愿“得罪”学生的扭曲现象,导致教学质量出现危机。
三、结语
一、正在出现的技术
Klingler(Lncytepharmaceuticals,PaloAlto,CA,USA)强调基因组学正推动制药业进入信息时代。随着不断增加的序列、表达和作图数据的产生,描述和开发这些数据的信息工具变得对实现基因组研究的任务至关重要。他谈到了Incytepharmaceuticals对大规模基因组数据和生物信息学的贡献。
Lipshutz(Affymetrix,Santaclara,CA,USA)描述了一种利用DNA探针阵列进行基因组研究的方法,其原理是通过更有效有作图、表达检测和多态性筛选方法,可以实现对人类基因组的测序。光介导的化学合成法被应用于制造小型化的高密度寡核苷酸探针的阵列,这种通过软件包件设计的寡核苷酸探针阵列可用于多态性筛查、基因分型和表达检测。然后这些阵列就可以直接用于并行DNA杂交分析,以获得序列、表达和基因分型信息。Milosavljevic(CuraGen,Branford,CT,USA)介绍了一种新的基于专用定量表达分析方法的基因表达检测系统,以及一种发现基因的系统GeneScape。为了有效地抽样表达,特意制作片段模式以了解特定基因的子序列的发生和冗余程度。他在酵母差异基因表达的大规模研究中对该技术的性能进行了验证,并论述了技术在基因的表达、生物学功能以及疾病的基础研究中的应用。
二、基因的功能分析
Overton(UniversityofPennsylvaniaSchoolofMedicine,Philadelphia,PA,USA)论述了人类基因组计划的下一阶段的任务——基因组水平的基因功能分析。这一阶段产生的数据的分析、管理和可视性将毫无疑问地比第一阶段更为复杂。他介绍了一种用于脊椎动物造血系统红系发生的功能分析的原型系统E-poDB,它包括了用于集成数据资源的Kleisli系统和建立internet或intranet上视觉化工具的bioWidget图形用户界面。EpoDB有可能指导实验人员发现不可能用传统实验方法得到的红系发育的新的药物靶,制药业所感兴趣的是全新的药物靶,EpoDB提供了这样一个机会,这可能是它最令人激动的地方。
Sali(Rockefelleruniversity,NewYork,NY,USA)讨论了同源蛋白质结构模建。比较蛋白质模建(comparativeproteinmodeling)也称为同源模建(homologymodeling),即利用实验确定的蛋白质结构为模式(模型)来预测另一种具有相似氨基酸序列的蛋白质(靶)的构象。此方法现在已经具有了足够的精确性,并且被认为效果良好,因为蛋白质序列的一个微小变化通常仅仅导致其三维结构的细微改变。
Babbitt(UniversityofCalifornia,SanFrancisco,CA,USA)讨论了通过数据库搜索来识别远缘蛋白质的方法。对蛋白质超家族的结构和功能的相互依赖性的理解,要求了解自然所塑造的一个特定结构模板的隐含限制。蛋白质结构之间的最有趣的关系经常在分歧的序列中得以表现,因而区分得分低(low-scoring)但生物学关系显著的序列与得分高而生物学关系较不显著的序列是重要的。Babbit证明了通过使用BLAST检索,可以在数据库搜索所得的低得分区识别远缘关系(distantrelationship)。Levitt(Stanforduniveersity,PaloAlto,CA,USA)讨论了蛋白质结构预测和一种仅从序列数据对功能自动模建的方法。基因功能取决于基因编码的蛋白质的三级结构,但数据库中蛋白质序列的数目每18个月翻一番。为了确定这些序列的功能,结构必须确定。同源模建和从头折叠(abinitiofolding)方法是两种现有的互为补充的蛋白质结构预测方法;同源模建是通过片段匹配(segmentmatching)来完成的,计算机程弃SegMod就是基于同源模建方法的。
三、新的数据工具
Letovsky(JohnshopkinsUniversity,Baltimore,MD,USA)介绍了GDB数据库,它由每条人类染色体的许多不同图谱组成,包括细胞遗传学、遗传学、放射杂交和序列标签位点(STS)的内容,以及由不同研究者用同种方法得到的图谱。就位置查询而言,如果不论其类型(type)和来源(source),或者是否它们正好包含用以批定感兴趣的区域的标志(markers),能够搜索所有图谱是有用的。为此目的,该数据库使用了一种公用坐标系统(commoncoordinatesystem)来排列这些图谱。数据库还提供了一张高分辨率的和与其他图谱共享许多标志的图谱作为标准。共享标志的标之间的对应性容许同等于所有其它图谱的标准图谱的分配。
Markowitz(LawrenceberkeleyLaboratory,Berkeley,CA,USA)讨论了分布式数据库与局部管理的关系,以及用基于工具的方法开发分子生物学数据库(MDBs)的问题。许多方案当前正在促进搜索多种不同来源MDBs的数据,包括建立数据仓库;这要求对各种MDBs的组合有一种全局观,并从成员MDBs中装填数据入中心数据库。这些方案的主要问题是开发整体视图(globalviews),构建巨大的数据仓库并使集成的数据库与不断发展中的成员MDBs同步化的复杂性。Markowitz还讨论了对象协议模型(objectprotocolmodel,OPM),并介绍了支持以下用途的工具:建立用于文本文件或者关系MDBs的OPM视图;将MDBs作成一个数据库目录,提供MDB名称、定位、主题、获取信息和MDB间链接等信息;说明、处理和解释多数据库查询。Karp(SRIinternational,MenloPark,CA,USA)解释了Ocelot,一种能满足管理生物学信息需求的面向对象知识陈述系统(一种面向对象系统的人工智能版)。Ocelot支持略图展开(schemaevolution)并采用一种新的最优化并行控制机制(同时进行多项访问数据的过程),其略图驱动图形编辑器提供了交互式浏览和编辑功能,其注释系统支持数据库开发者之间的结构通讯。
Riley(MarinebiologicalLaboratory,WoodsHole,MA,USA)在讨论大肠杆菌蛋白质的功能同时,特别提到了GPEC数据库,它包括了由实验确定的所有E.coli基因的功能的信息。该数据库中最大比例的蛋白质是酶,其次则为转运和调控蛋白。
Candlin(PEappliedBiosystems,FosterCity,CA,USA)介绍了一种新的存储直接来自ABⅠPrismdNA测序仪的数据的关系数据库系统BioLIMS。该系统可以与其它测序仪的数据集成,并可方便地与其它软件包自动调用,为测序仪与序列数据的集成提供了一种开放的、可扩展的生物信息学平台。
Glynais(NetGenics,Cleveland,OH,USA)认为生物信息学中最关键的问题之一是软件工具和数据库缺乏灵活性。但是,软件技术的发展已得到了其它领域如金融业和制造业的发展经验的借鉴,可以使来自不同软件商的运行于各种硬件系统的软件共同工作。这种系统的国际标准是CORBA,一种由250多个主要软件和硬件公司共同合作开发的软件体系。联合使用CORBA和Java可以开发各种通过一个公用用户界面访问任何种类的数据或软件工具的网络应用软件,也包括生物信息学应用软件。Overton不同意Glynias的这种想法,他强调说CORBA仅对软件集成有用,不兼容的数据库软件可能是计算生物学所面临的最困难问题,一些制药公司和数据库仓库最近资助了一项用OCRBA链接不同的数据库的计划[2,3]。
四、制药先导的发现
Burgess(Sturcturalbioinformatics,SanDiego,CA,USA)讨论了填补基因组学和药物设计之间鸿沟的蛋白质结构中的计算问题。在缺乏主要疾病基因或药物靶的精确描述数据的情况下,药物设计者们不得不采用大规模表达蛋白质筛选方法;而结构生物信息学则采用一种更为实用有效的计算方法直接从序列数据中确定靶蛋白质的活性位点的精细结构特征,它利用一种集成专家系统从现实的或虚拟的化学文库中进行迅速的计算筛选,可以达到一个很大的规模。
Elliston(Genelogic,Columbia,MD,USA)讨论了治疗药物开发中发现新的分子靶的过程,着重讨论了基因发现方法。他认为,随着日益临近的人类基因组测序的完成,几乎全部基因的特征将在序列水平得到揭示。但是,对基因的认识将有赖于更多的信息而不仅仅是序列,需要考虑的第一类信息是转录表达水平信息,而Genelogic公司的GeneExpress就是一个由mRNA表达谱、转录因子位点、新基因和表达序列标签组成的数据库。
Liebman(Vysis,Downessgrove,IL,USA)介绍了Vysis公司开发的计算和实验方法,这些主法不仅用于管理序列数据,而且被用于以下用途:分析临床数据库和自然—突变数据库;开发新的算法以建立功能同源性(区别于序列同源性)模拟生物学通路以进行风险评估;药物设计的靶评估;联系复杂的通路特性以便识别副作用;开发疾病发展的定性模型并解释临床后果。
随着发现的新基因的日益增多,这个问题显得格外重要:基因的功能是什么?Escobedo(Chirontechnologies,Emeryville,CA,USA)提出了这个问题的一种方法:将分泌蛋白质的基因的功能克隆与筛选这些克隆(可能的药物靶)结合起来。在这种方法中,在微粒体cDNA文库池中进行体外翻译避免了劳动密集的克隆、表达和纯化步聚,对文库池中的翻译产物在细胞水平进行筛选,测试其在细胞增殖和分化中的作用。例如,在用这种方法识别的111个克隆中,56个属于已知的分泌蛋白质,25个为膜相关蛋白,另外30个功能未知,可能是新的蛋白质。一种相似的方法在转移到小鼠模型系统中的基因传导载体中构建分泌蛋白质的cDNA文库来克隆特定的功能基因。
Ffuchs(Glaxowellcome,ResearchTrianglePark,NC,USA)讨论了生物信息学更为广义的影响:它不仅影响到新药物靶基的发现,还对改善药物开发的临床前期和临床期的现状极具重要性。众所周知,涉汲数以千计病人的临床试验(可能是药物开发最为花钱的部分)的设计不论多么仔细,也不能为正确的药物选择正确的病人。而在基因组水平划分病人群体的方法可以大大改善发现新药的效率。Fuchs介绍了一种将病人的基因型和表型标志结合起来以改善临床前期和临床期药物开发过程的系统GeneticinformationSystem.他强调将遗传学和生物信息学数据同化学、生物化学、药理学和医学数据连接起来的集成信息管理和分析方法是极其重要的。
Green(HumanGenomeSciences,Rockville,MD,USA)介绍了他的测序工作中采用的数据管理工具。基于EST的测序方法所面临的挑战是,在对几百个cDNA克复测序之后,产生的数据堆积如山。由于大多数人类基因都是用这种方法发现并在么有数据库中分类编排的,面临的识别开放读框、重叠序列的重叠图谱、组织特异表达和低丰度mRNA基因的任务是令人生畏的。HumangenomeSciences公司开发了一些可用户化数据库工具,在同一个数据库中可包括以下功能:WWW上访问和检索数据,序列拼接,临视潜在药物靶基因的研究进展等。这些能够管理多项任务——从注释基因序列到成功开发基因产物进入药物发现的流程——的软件工具,极其可望从一种基于基因组知识的药物发现方法中得到新的药物靶。
Summer-Smith(Base4bioinformatics,Mississauga,Ontario,Canada)描述了一种相关的策略。药物发现阶段中所要求的软件工具的任务是多样化的,要能注释基因,并阐明它的生理和病理功能及其商业潜质。对这样多种来源的信息的集成与分析,在派生的、项目取向的数据库(project-specificdatabase,PSD)中可以很好完成。由于项目贯穿于发现到开发全过程,其间又不断加入背景的成员,PSD在项目的管理与发展中成为一种关键性的资源。
按照Smith(Bostonuniversity,Boston,MA,USA)的观点[2],我们并不需要更快捷的计算机或更多的计算机科学家,而是需要更的生物学家和生物化学家来解释序列的功能。这对有些软件或硬件专家来说是个打击,但生物学系统的复杂性是令人生畏的,并且对基因功能的认识可能需要生物学方法和计算方法的结合。探索基因的功能很可能要花费生物学家们数十年的时间,本次会议表明没有任何单一的方法可以得出一个答案;但是,将计算生物学同大规模筛先结合起来识别一种化学靶物(hit)是一种产生化学工具来探索基因功能的方法,这些化学工具接下来就可以用作理解基因功能的“探针”。这种方法在Butt(GeneTranscriptionTechnologies,Philadelphia,PA,USA)的描述中,既是一种检查基因功能的简单方法,也是为潜在的药物靶发现化学先导物的简单方法,他描述了一种可以在酵母中重建人类基因功能的酵母大规模筛选系统。在此系统中,可以迅捷地在一个化学文库中发现配基。这种技术的重要特征是它不仅仅是发现一种药物靶的配基的筛板(screen),相反,由于该系统的高速度,它也是发现先导靶基因的一种筛板。过去,世界上的制药公司通常在某一时间内仅能对有限数目(约20多个)的药物靶基因进行工作,鉴于此,我们需要根本不同的方法如基因组学来打开通向“新”生物学的通路。由于机器人和合成化学的进步,药物发现中最关键的问题不再是得到一种先导化合物(leadcompound),而是得到导向靶基因。此次会议为从计算和实验方法中发展出的新生物学迈出很好的一步。
参考文献
1LimHA,BatttR.TIBTECH,1998;16(3)):104